我的做法是这样的，可以成功弹出对话框并返回。

JscriptOperator.AlertAndRedirect(Page, "添加成功！", "Func_Link_Manage.aspx");

/// <summary>
/// 弹出消息框并且转向到新的URL
/// </summary>
/// <param name="page">Page类</param>
/// <param name="message">消息内容</param>
/// <param name="toURL">连接地址</param>
public static void AlertAndRedirect(System.Web.UI.Page page, string message, string toURL)
{
    #region
    string strKey;
    int i;
    string js = "<script language=javascript>alert('{0}');window.location.replace('{1}')</script>";
    //注册脚本块的Key
    strKey = System.DateTime.Now.ToString();
    //循环，直至找到某个没被注册过的Key
    for (i = 0; i < 10000; i++)
        if (!page.ClientScript.IsClientScriptBlockRegistered(strKey + i.ToString()))
            break;
    page.ClientScript.RegisterClientScriptBlock(page.GetType(), Guid.NewGuid().ToString(), string.Format(js, message, toURL));
    #endregion
}