如果逻辑或架构差的太远，是很难合并。都是简单的或两者没有一点关系（数据库相关/业务逻辑的代码），先把web.config合并了，然后再调试，修改出些的错误 。

这个没关系吧

不知道这两个程序之间有什么区别，原则上来说，如果两套程序都是用同一个数据库的话，那你可以把其中一个做为主程序，另一个创建成虚拟路径的方式进行发布，这样子两套程序就可以使用了，如果有其他的需求，那就建议改动些程序吧，尽量整合到一起，便于以后维护

我正好现在的项目就是要整合website和webapplication。主要是一下几步：

1.首先将webapplication中的Global.asax文件的后台操作整合到website的Global.asax文件中。

2.整合两个站点的web.config文件，如果设置有冲突，需要权衡一下改那个方便。将整合好的web.config文件替换website的web.config文件。

3.将webapplication发布出来。发布完后应该没有.cs的文件，只有.aspx，.dll，.js，.css及图片等文件，即没有后台的文件了。

4.将发布的出的页面（.aspx，.ascx等），资源（.js，.css，图片等）按照原先发布出的目录结构拷到website下。

5.将发布出的.dll拷到website的bin目录下。

6.再发布website即可。可以先编译一下website，可能两个站点中的类名有冲突。为了避免这种冲突，最好是webapplication中的类都有自己的命名空间（namespace）。

大概流程就是这样，如果有什么问题，可以联系我。