试试生成一个固定名称的dll,不要用app_Code.dll
http://www.cnblogs.com/downmoon/archive/2007/12/29/1020014.html
还是bin目录中.dll文件的问题,因为发布后,.cs代码会被封装到一个dll中,在config中会有一个指定dll名称的标记,你有两个的话肯定会有一个是无效的,所以最好是生成一个新的.cs -》dll,但是貌似你不可能实现,那么你只能是部署两个虚拟不录然后用路径去访问了,必要的地方用iframe去嵌套。
还有个麻烦的就是 保证必要的新功能页面.cs文件名称和现有的系统没有冲突的前提下,合并两个dll文文件,这个好像困难点。
你可以先将原来的文件取出来在vs里面运行一下,然后添加你要的那些功能,然后再整理发布出去。这样肯定就是OK的。