先帮你格式下，建议你把建表语句发过来，方便回答者调试，初步看你使用了很多子查询，可能是罪魁祸首。等你把建表语句发来，我执行下试试。

SELECT DISTINCT
    Id,
    Number,
    NAME,
    Time
FROM
    (
        SELECT
            Id,
            Number,
            NAME,
            Time
        FROM
            table_a a
        WHERE
            Time = (
                SELECT
                    MAX(Time)
                FROM
                    table_a b
                WHERE
                    a.Id = b.Id
            )
        UNION ALL
            SELECT
                Id,
                Number,
                NAME,
                Time
            FROM
                table_b a
            WHERE
                Time = (
                    SELECT
                        MAX(Time)
                    FROM
                        table_b b
                    WHERE
                        a.Id = b.Id
                )
    ) a

Time =() 尝试修改为 not exists (..a.time<b.time..)

可能是子查询过多,建议先系统了解一下查询慢的原因,可以对索引进行优化,对于你的数据库,没法了解,你可以建立一些索引,给你发一些概念资料,自己具体去学习,你可以用explain加sql语句试一下,你用的应该是全表扫描,效率最低的方式,

生产中,mysql在使用全表扫描时的性能是极其差的，所以MySQL尽量避免出现全表扫描
常见的索引扫描类型:
1）index / all
2）range
3）ref
4）eq_ref
5）const
6）system
7）null
从上到下，性能从最差到最好，我至少要达到range级别,当然也不是索引越多越好,毕竟索引也占系统资源,如果想优化自己的数据库可以往这个方向,
索引分类：
主键索引
普通索引
唯一索引

要不要试试with as

你在子查询里面用了 "UNION ALL" (包含重复行)，又在外查询使用 "DISTINCT" (取不同的行)，是不是多此一举。可以使用 "UNION" (不含重复的行),然后去掉外查询。

SELECT Id ,Number ,Name ,Time FROM table_a a WHERE Time = (

SELECT MAX(Time) FROM table_a b WHERE a.Id = b.Id )

UNION

SELECT Id ,Number ,Name ,Time FROM table_b a WHERE Time = (

SELECT MAX(Time) FROM table_b b WHERE a.Id = b.Id )

是不是这个逻辑

先explain看一下执行情况，你这种情况多半是索引没用好