首页 新闻 会员 周边 捐助

哪位大神告诉我这个怎么解决呀?

0
[待解决问题]

inputfile="lassoInput.txt"

lncRNA<-read.table(inputfile,header=T,sep="\t",row.names = 1,check.names = F,stringsAsFactors = F)
lncRNAEXP=log2(lncRNA[,3:ncol(lncRNA)]+1)
lncRNA=cbind(lncRNA[,1:2],lncRNAEXP)
lncRNA[,"survival_time"]=lncRNA[,"survival_time"]/365
v1<-as.matrix(lncRNA[,c(3:ncol(lncRNA))])
v2 <- as.matrix(Surv(lncRNA$survival_time,lncRNA$vital_status))
myfit <- glmnet(v1, v2, family = "cox")
Error in glmnet(v1, v2, family = "cox") :
x has missing values; consider using makeX() to impute them

我要上博士的主页 我要上博士 | 菜鸟二级 | 园豆:202
提问于:2024-07-11 11:41
< >
分享
所有回答(1)
0

来自AI:

这个错误提示可能是由于你的数据中存在缺失值导致的。你可以尝试使用makeX()函数来填补缺失值。makeX()函数是glmnet包中的一个函数,可以将含有缺失值的数据矩阵进行填补。下面是一种可能的解决方法:
Copy to clipboard
library(glmnet)

读取数据

lncRNA <- read.table(inputfile, header=T, sep="\t", row.names = 1, check.names = F, stringsAsFactors = F)

对数据进行预处理

lncRNAEXP <- log2(lncRNA[,3:ncol(lncRNA)]+1)
lncRNA <- cbind(lncRNA[,1:2], lncRNAEXP)
lncRNA[,"survival_time"] <- lncRNA[,"survival_time"]/365
v1 <- as.matrix(lncRNA[,c(3:ncol(lncRNA))])
v2 <- as.matrix(Surv(lncRNA$survival_time, lncRNA$vital_status))

使用makeX()函数填补缺失值

v1 <- makeX(v1)

使用填补后的数据进行模型拟合

myfit <- glmnet(v1, v2, family = "cox")
请确保你已经安装并加载了glmnet包。此外,请注意,填补缺失值可能会对模型结果产生影响,因此在进行进一步分析之前,建议你对缺失值进行充分的处理和评估。

Technologyforgood | 园豆:7633 (大侠五级) | 2024-07-24 21:51
清除回答草稿
   您需要登录以后才能回答,未注册用户请先注册