哪位大神告诉我这个怎么解决呀？
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[待解决问题]
inputfile="lassoInput.txt"
lncRNA<-read.table(inputfile,header=T,sep="\t",row.names = 1,check.names = F,stringsAsFactors = F)
lncRNAEXP=log2(lncRNA[,3:ncol(lncRNA)]+1)
lncRNA=cbind(lncRNA[,1:2],lncRNAEXP)
lncRNA[,"survival_time"]=lncRNA[,"survival_time"]/365
v1<-as.matrix(lncRNA[,c(3:ncol(lncRNA))])
v2 <- as.matrix(Surv(lncRNA$survival_time,lncRNA$vital_status))
myfit <- glmnet(v1, v2, family = "cox")
Error in glmnet(v1, v2, family = "cox") :
x has missing values; consider using makeX() to impute them
所有回答(1)
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来自AI:
这个错误提示可能是由于你的数据中存在缺失值导致的。你可以尝试使用makeX()函数来填补缺失值。makeX()函数是glmnet包中的一个函数，可以将含有缺失值的数据矩阵进行填补。下面是一种可能的解决方法：
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library(glmnet)
读取数据
lncRNA <- read.table(inputfile, header=T, sep="\t", row.names = 1, check.names = F, stringsAsFactors = F)
对数据进行预处理
lncRNAEXP <- log2(lncRNA[,3:ncol(lncRNA)]+1)
lncRNA <- cbind(lncRNA[,1:2], lncRNAEXP)
lncRNA[,"survival_time"] <- lncRNA[,"survival_time"]/365
v1 <- as.matrix(lncRNA[,c(3:ncol(lncRNA))])
v2 <- as.matrix(Surv(lncRNA$survival_time, lncRNA$vital_status))
使用makeX()函数填补缺失值
v1 <- makeX(v1)
使用填补后的数据进行模型拟合
myfit <- glmnet(v1, v2, family = "cox")
请确保你已经安装并加载了glmnet包。此外，请注意，填补缺失值可能会对模型结果产生影响，因此在进行进一步分析之前，建议你对缺失值进行充分的处理和评估。