简单点说：  
web site 发布的时候在bin目录下面会生成很多类似App_Web_4xjy5_p1.dll的文件  
web application 发布的时候bin目录下面就一个dll文件

详细点就是：

1、web应用程序Default.aspx显示有两个原有文件及Default.aspx.cs和Default.aspx.designer.cs；Web网站Default.aspx显示有一个原有文件Default.aspx.cs。

2、web应用程序有重新生成和发布两项；Web网站只有一个发布网站。

3、web应用程序和一般的winform没有什么区别都有引用的是命名空间等；Web网站在引用后出现一个bin文件夹那里存放dll和pdb文件。

4、web应用程序可以作为类库被引用；Web网站则不可以作为类库被引用。

5、web应用程序可以添加ASP.Net文件夹中不包括bin、App_Code；Web网站可以添加ASP.Net文件夹包括bin、App_Code。

6、web应用程序还可添加组件和类；Web网站则没有。

7、源文件虽然都是Default.aspx.cs但是web应用程序有命名空间，多了一项System.Collections空间引用。

8、Web应用程序在修改了页面底层的代码之后需要重新进行编译  网站不需要重新编译 

问题二参考：http://www.cnblogs.com/wenly/archive/2008/06/05/1214139.html