如何运行一长时间的程序
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如果你需要获得执行以后的结果，那么你可以使用异步调用
如果你不想获得运行的结果，你可以使用fire and forget模式。
http://www.eggheadcafe.com/articles/20050818.asp
对于你说的Application End我也觉得很怪，没有遇到过。
PS:你是怎么测试的啊？
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像这种运行时间比较长的任务，可以做成异步的，在服务器端用一个win服务进程专门处理之类的服务，如果WEB有之类任务就直接扔给它运行，服务运行完任务后再反馈。这样可以保证WEB的稳定。类似于SQL SERVER的任务执行方式。
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采用job机制，类似一个C/S程序，脱离用户请求。
如果需要关联用户请求的话，这样长时间任务不建议这样做。如果要做的话。
1、设置超时配置，也许可以吧，没试过。（可行性不高，长时间的连接很可能被防火墙等中断，所以一些web im一般都将长连接控制在25秒左右）
2、如果不行的话，可以采用ajax，第一次请求启动任务（同时给出请求上下文信息），然后再用ajax定时检测任务执行状态。
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quartz.net
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1，不清楚你在执行什么操作，采集？数据库查询？
2，既然你application end事件里可以添加代码。那么当application end事件执行时你设计下，再调用一次，为了防止从头执行，你记录下程序执行到什么位置，我想这么长时间的执行操作一般都是循环式的，任务都是像似的，如采集，那你就记录下已经完成的和没有完成的，然后接着来。直到over。
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信息不足，无法回答
