可以的，记得2003需要装一个插件 2005 就可以设置一下！ 框架会直接打包

framwwork 1.1有个

Microsoft Visual Studio .NET 2003 引导程序插件

http://www.cnblogs.com/cowbird/archive/2004/07/07/21970.html

http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?FamilyID=627921a0-d9e7-43d6-a293-72f9c370bd19&displaylang=zh-cn

2.0以上可以参考：

按照下面的方法
1.将.NET   Framework2.0文件添也加入安装部署项目
2.在 "启动条件 "里点 ".NET   Framework ",然后在右边属性的InstallUrl里填写dotnetfx\dotnetfx.exe
3.右键点所建的安装部署项目,在属性页的系统必备里选择 "从与我的应用程序相同的位置下栽系统必须组件 "
然后生成的安装部署包就能实现你所要的功能了

此时会在setup.exe所在位置生成一个dotnetfx文件夹，里面有四个文件，

     ..
2006-01-01  08:00        23,510,720 dotnetfx.exe
2005-11-12  00:00         1,709,160 instmsia.exe
2006-01-01  08:00         1,784,512 langpack.exe
2005-11-12  00:00         2,585,872 WindowsInstaller-KB893803-v2-x86.exe
               4 个文件     29,590,264 字节
               2 个目录 11,052,793,856 可用字节

你把这个目录连同你的MSI文件,setup.exe文件一起打包就可以了。